Очередной кризис наступил в ноябре 1998 г., когда вновь прогремело два взрыва на улице Яффо в Иерусалиме и в Гуш-Катиф в секторе Газа. Власти ПНА тут же обвинили в терактах некие малочисленные группы, за которыми стоят Сирия и Иран. Со своей стороны премьер-министр Израиля Б. Нетаньяху заявил, что 13% территорий Западного берега в соответствии с соглашениями «Уай-Плантейшн» будут освобождены только после того, когда Я. Арафат даст полные гарантии безопасности Израиля. При этом он вновь высказался за скорейшее начало строительства новых домов для поселенцев в восточном квартале Иерусалима Хар-Хома. Однако министр обороны Израиля И. Мордехай выступил против возобновления строительства, указав на то, что такие решения «сегодня противоречат интересам безопасности», и подтвердил, что Тель-Авив, несмотря ни на что, выведет войска с 13% территорий. Тогда же в Газе прошло совещание с участием директора ШАБАК А. Аялона с начальником палестинской полиции Мухаммадом Дахланом, а также с руководителем палестинской разведки Амином аль-Ханди, которое было посвящено разработке совместного плана по борьбе с подпольными экстремистскими группами31. Одновременно с этим Я. Арафат обрушил на исламистов серию повальных арестов и обысков, было арестовано 300 активистов ХАМАС, среди них 30–40 членов «Кассам». Даже А. Ясин был помещен под домашний арест. После этого политическое руководство ХАМАС официально назвало Я. Арафата предателем. Лидер «Хизболла» шейх Насралла пошел еще дальше, он заявил, что «Арафат предал исламскую революцию и заслуживает только смерть»32. Аналитики вновь заговорили о возможном кровопролитии. Однако через несколько недель Я.Арафат перешел к «мягким мерам», встретив понимание шейха Ясина. Вскоре из под домашнего ареста был освобожден и сам шейх. В декабре 1999 г. на митинге, организованном в честь 11-й годовщины создания ХАМАС, на котором присутствовало до 10 тыс. человек, А. Ясин заявил, что приложит все усилия, чтобы добиться единства палестинского народа33. Весной 1999 г. Я. Арафат пригласил представителей ХАМАС и «Исламского джихада» на заседание высшего руководства ПНА. После окончания заседания А. Ясин указал на то, что ХАМАС готов войти во властные структуры палестинского государства, когда его провозгласят. Однако речь не идет о существующей ныне палестинской автономии34.

После первого этапа переговоров в июле 2000 г. в Кэмп-Дэвиде по статусу Восточного Иерусалима позиция Я.Арафата впервые была публично и без оговорок поддержана ХАМАС и лично А. Ясином. Он указал, что форма переговоров, которую избрал Я. Арафат в Кэмп-Дэвиде, соответствовала интересам палестинского народа. Прежде всего, в этом аспекте важно то, что ХАМАС впервые поддержал сам факт переговоров с Израилем. Последний этап взаимоотношений политического крыла ХАМАС с ПНА характеризовался переменным сближением и отдалением по мере того, как удавалось Я. Арафату выбивать те или иные уступки у Израиля. Со своей стороны ХАМАС все же не изменил своего общего оппозиционного настроя к ПНА и непримиримости к соглашениям Осло. В одном из заявлений зарубежного информационного центра ХАМАС по поводу взаимоотношений с ПНА говорится, что движение будет продолжать переговоры с представителями Палестинской администрации, но для того, чтобы убедить руководство ООП отказаться от мирных переговоров с Израилем35. Вместе с тем затягивание мирного процесса и эскалация насилия приводили к росту радикальных настроений в палестинском обществе и усиливали влияние непримиримых лидеров на выработку общего курса в ХАМАС в отношениях с ПНА.